虽然在全流通条件下，大股东更加关心股票价格，提升股价成为其实现利益的主要途径，但由于在控制权争夺、业绩考核等方面利益不同，大股东、中小股东、管理层间博弈和利益平衡仍不可避免，后股改时代的上市公司也将呈现全新的利益格局。

股改后，股东间的关系将发生重要变化。

一方面，小股东在市场上的抛售行为将使大股东遭受重大损失；另一方面，一股独大的状况并没有改变。这使得双方之间的关系更加微妙。在实践中，利益冲突主要体现在经营战略与经营理念的差异、包括股权与管理层任命权在内的控制权的争夺、涉及同业竞争、关联交易等经营活动的利益冲突等三个方面。为规避这些冲突给上市公司带来的影响，需要进一步改善证券市场监管，推进包括独立董事制度、累计投票制在内的制度改革，加强信息披露和关联交易监管，最大限度的消除同业竞争和加快“清欠进程”，以消除公司治理的不利因素。

从我国上市公司的实际情况来看，公司管理层的利益与股东利益也是有差别的。这主要体现在，利润最大化与利益输送、业绩考核与管理层薪酬、正常治理结构与国有行政体制等方面的矛盾。为此，需要推进股权激励等措施的实施，把上市公司董事会和管理层的利益内化在上市公司中，实现其与股东利益的一致，促使经营管理层真正从股东的利益出发来制订和实施公司的发展战略。